هدف از اين جنگ برخلاف آنچه غربيان مي‌نويسند، به زير فرمان كشيدن سراسر يونان نبود بلكه استقرار مجدد خاندان پيزيسترات در آتن بود.
امير مهدي بديع كه نتيجه‌گيري خود را براساس تاريخ هرودوت انجام مي‌دهد، مي‌نويسد: آنچه از تاريخ هرودوت كه در اين زمينه منبع غربيان بوده، برمي‌آيد، شخصيتهاي مهم واقعي ماجراي ماراتون هيپياس و ميلتياد بودند. اين جنگ بيش از آنكه جنگ ميان امپراتوري هخامنشي و شهر آتنا باشد، ستيز ميان اين دو يوناني بود.
اين نبرد در زمان داريوش رخ داد اما داريوش در آن كوچكترين دخالتي نداشت. مردي كه در نزديكي ماراتون قدم به خشكي نهاد داتيس، فرمانده سپاه ايران، بود نه داريوش.
داتيس به راهنمايي هيپياس، پسر پيزيسترات، كه آتن عظمت آن زمان خود را مديون او بود و براي بازستاندن حكومت وي، قشون را در دشت ماراتون پياده كرد. اما برخلاف تأييدهاي هيپياس، آتنيان آماده پذيرفتن حاكم سابق خود نبودند.
در اين هنگام، داتيس تصميم به بازگشت مي‌گيرد و نيروهايش را به كشتيها بازمي‌گرداند و آماده لنگر برداشتن مي‌شوند. وقتي ميلتياد مي‌بيند كه سپاه پارس دوباره به كشتي مي‌نشيند، سرباران پياده خود را به حمله وامي‌دارد و نبرد صورت مي‌گيرد. نبردي كه افسانه بر آن چنگ افكند تا از آن، نقطه رفيع تاريخ را بسازد!
پيروزي ماراتون اگر واقعا" پيروزي بوده، فقط در رساله‌هاي تبليغات تاريخي پرآوازه شد. يونانيان نزاع هاي خود را از ياد نبرده بودند و تصميم هم نداشتند دربرابر اشغالگر متحد شوند. حتي آتنيان همه يك صدا عقيده به جنگ عليه ايران نداشتند. تمام اين نبرد در اثر حيله ميلتياد شكل گرفت.
در اين جنگ، اسپارتيان با آوردن بهانه‌هاي مذهبي به ياري آتنيان نيامدند. اما در حقيقت، اسپارتيان كه هواخواه هيپياس بودند و مي‌دانستند وي به سپاهيان داتيس نظم مي‌بخشد، با او وارد جنگ نمي‌شدند.
در پايان نبرد ماراتون، از آتن علامتي براي پارسيان فرستادند تا به ايشان نشان دهند كه راه دولتشهر به رويشان باز است. علامت را احتمالا" آتنيهاي طرفدار بازگشت هيپياس فرستاده بودند. به عقيده پرفسور پير بريان، شواهد نشان مي‌دهد هيپياس در آتن دوستاني داشت.
پروفسور بريان يكي از پرسشهاي مهم درمورد اين نبرد را غيبت سواره‌نظام پارسي ذكر مي‌كند. درباره وجود سواره‌نظام در قشون داتيس ترديدي وجود ندارد. اما اين سواره‌نظام يا به كشتي بازگشته بود و يا به‌احتمال قويتر اصلا" پياده نشده بود. پس اين نبرد نه مقابله دو سپاه بلكه پيكار با عقبدار سپاه بود.
پارسها نبردي سرسختانه كردند تا كار به كشتي نشستن سپاه را كه در جريان بود، پوشش دهند. پلوتارك، مورخ يوناني، ماراتون را پيكاري مختصر مي‌گويد. ماراتون نبرد دسته‌اي از سپاه داتيس بود، محروم از سواره‌نظام به كشتي نشسته، به‌منظور حمايت از بقيه سپاه به‌هنگام سوار شدن به كشتي و بعد هم عقب‌نشيني اين دسته.
اما درمورد ارقام غيرمنطقي كشته‌شدگان، پروفسور بريان معتقد است كه هيچيك از ارقام هردوت قابل اعتماد نيست، اعم از شمار كشتيهاي ناوگان سلطنتي (600) و شمار كشته‌شدگان (192 تن از آتنيها و 6400 تن از افراد داتيس(
به‌نظر امير مهدي بديع، چون آتنيان به تعداد كشته‌شدگان دشمن 500 بز براي آرتميس قرباني مي‌كردند، احتمالا" اين رقم به‌طور تقريبي تعداد پارسياني را نشان مي‌دهد كه در ماراتون به خاك افتادند.
داتيس مانند هميشه بهترين سربازان، يعني پارسها و سكاها را در قلب آرايش جنگي خود جاي داده بود. پارسيان كه در مركز پيروز بودند، در جناحين شكست خوردند و ناگزير به كشتيهاي خود بازگشتند. داتيس پافشاري نكرد و به‌سوي آسياي صغير بادبان كشيد.
اين تصميم غافلگيركننده نشان مي‌دهد كه داريوش در اين تاريخ در فكر ايجاد سلطه پايداري بر يونان نبوده است.
داتيس فقط مأموريت داشت هجومي ببرد و اسرايي بگيرد و به آسياي صغير بازگردد. از نظر پارسيان، ماراتون درگيري كوچكي بود كه لطمه‌اي به استراتژي داريوش در درياي اژه نمي‌زد. داريوش به اهداف اساسي خود رسيده بود. به هر حال، تاريخ هخامنشي در مسئله يونان خلاصه نمي‌شود.
ايران در اين به‌ظاهر شكست، نه اسيري در دست آتنيان به‌جا گذاشت، نه هيچيك از فرماندهان و سركردگان ايراني اسير شدند، نه غنيمتي كه ميان خود تقسيم كنند، نه حتي سپري كه به ديوار معابد الهه حافظ شهر، آتنا، بكوبند.
اما به‌گفته پروفسور بريان، چرا آتنيان ماراتون را به يك پيروزي به‌ياد ماندني تبديل كردند؟ فهم اين مطلب چندان دشوار نيست. ماراتون تنها در شعور جمعي دولتشهر آتن ارزش اسطوره‌اي پيدا كرد. چراكه اين پيروزي اعتبار سياسي و نظامي دولتشهر را دربرابر اسپارت و اتحاديه پلوپونسوس بالا مي‌برد